بیوانفورماتیک گیاهی

15 سال گذشته در زیست شناسی گیاهی سال های هیجان انگیزی بوده است. صدها ژنوم گیاهی توالی یابی شده اند، RNA-seq پروفایل بیان گسترده ترانسکریپتوم را فعال کرده است، و تکثیر روش های مبتنی بر "-seq" اجازه داده است تا تعاملات پروتئین-پروتئین و پروتئین-DNA ارزان و با کارایی بالا تعیین شود. روش این مجموعه داده‌ها به نوبه خود به ما اجازه می‌دهند تا فرضیه‌هایی را با کلیک ماوس ایجاد کنیم. به عنوان مثال، دانستن مکان و زمان بیان یک ژن می تواند به ما کمک کند تا زمانی که یک فنوتیپ را در یک جهش یافته ژنی در شرایط رشد "عادی" نمی بینیم، فضای جستجوی فنوتیپی را محدود کنیم. تحلیل‌های هم‌اثر و شبکه‌های ارتباطی می‌توانند ژن‌های کاندید با کیفیتی را ارائه دهند که در یک فرآیند بیولوژیکی مورد علاقه شرکت دارند. استفاده از تجزیه و تحلیل غنی‌سازی هستی‌شناسی ژن و ابزارهای تجسم مسیر می‌تواند به ما کمک کند تا آزمایش‌های omics خود را درک کنیم و به این سوال پاسخ دهیم که "چه فرآیندها/مسیرهایی در جهش مورد علاقه ما مختل می‌شوند؟" ساختار: هر یک از ماژول های عملی 6 هفته ای شامل یک مقدمه 2 دقیقه ای، یک مینی سخنرانی تئوری 20 دقیقه ای، یک آزمایشگاه عملی 1.5 ساعته، یک بحث آزمایشگاهی اختیاری 20 دقیقه ای در صورت داشتن مشکلات آزمایشگاهی، و خلاصه 2 دقیقه ای ابزارهای تحت پوشش [مواد به روز شده در ژوئن 2024]: ماژول 1: DB های ژنومیک / درختان ژن از پیش محاسبه شده / ابزارهای پروتئینی. Araport، TAIR، Gramene، EnsemblPlants Compara، PLAZA; مرورگر SUBA5 و Cell eFP، مرورگر 1001 Genomes ماژول 2: ابزارهای بیان. مرورگر eFP / مرورگر eFP-Seq، Araport، ARDB، TravaDB، NCBI Genome Data Viewer برای کاوش داده های RNA-seq برای بسیاری از گونه های گیاهی، پایگاه داده MPSS برای RNA های کوچک ماژول 3: ابزار COEXPRESSION. ATTED II، Expression Angler، AraNet، AtCAST2 ماژول 4: تحلیل پروموتر. سیستوم، MEME، ePlant ماژول 5: تجزیه و تحلیل غنی سازی GO و تصویرسازی مسیر. AgriGO، AmiGO، Classification SuperViewer، TAIR، g:profiler، AraCyc، MapMan (اختیاری: Plant Reactome) ماژول 6: اکتشاف شبکه. نمایشگر تعاملات Arabidopsis 2، ePlant، TF2Network، Virtual Plant، GeneMANIA