روشهای بیوانفورماتیک II

پروژه‌های زیست‌شناسی در مقیاس بزرگ مانند تعیین توالی ژنوم انسان و بررسی‌های بیان ژن با استفاده از RNA-seq، ریزآرایه‌ها و سایر فناوری‌ها، داده‌های زیادی را برای زیست‌شناسان ایجاد کرده‌اند. با این حال، چالشی که دانشمندان با آن روبرو هستند، تجزیه و تحلیل و حتی دسترسی به این داده ها برای استخراج اطلاعات مفید مربوط به سیستم مورد مطالعه است. این دوره بر استفاده از منابع بیوانفورماتیک موجود - عمدتاً برنامه‌ها و پایگاه‌های اطلاعاتی مبتنی بر وب - برای دسترسی به انبوه داده‌ها برای پاسخ به سؤالات مربوط به یک زیست‌شناس معمولی تمرکز دارد و بسیار کاربردی است. موضوعات تحت پوشش شامل ترازهای توالی چندگانه، فیلوژنتیک، تجزیه و تحلیل داده های بیان ژن، و شبکه های تعامل پروتئین، در دو بخش جداگانه است. بخش اول، روش‌های بیوانفورماتیک I، به پایگاه‌های داده، انفجار، هم‌ترازی‌های توالی چندگانه، فیلوژنتیک، تجزیه و تحلیل انتخاب و متاژنومیکس می‌پردازد. این، بخش دوم، روش‌های بیوانفورماتیک II، جستجوی موتیف، برهمکنش‌های پروتئین-پروتئین، بیوانفورماتیک ساختاری، تجزیه و تحلیل داده‌های بیان ژن و پیش‌بینی‌های عنصر cis را پوشش می‌دهد. این جفت دوره برای هر دانش آموزی که تحصیلات تکمیلی در علوم زیستی را در نظر دارد و همچنین دانشجویانی که پزشکی مولکولی را در نظر دارند مفید است. این دوره‌ها بر اساس دوره‌ای است که در دانشگاه تورنتو به دانش‌آموختگان سطح بالایی که تا حدودی از زیست‌شناسی مولکولی پایه دارند، تدریس می‌شود. اگر با این کار آشنایی ندارید، چیزی مانند https://learn.saylor.org/course/bio101 ممکن است مفید باشد. هیچ برنامه نویسی برای این دوره مورد نیاز نیست، اگرچه برخی از کارهای خط فرمان (هر چند در یک مرورگر وب) در ماژول 5 رخ می دهد. Bioinformatic Methods II به طور منظم به روز می شود و آخرین بار در ژانویه 2024 به روز شده است.