توالی یابی کل ژنوم ژنوم های باکتری - ابزارها و کاربردها

این دوره به موضوع توالی یابی کل ژنوم (WGS) ژنوم های باکتریایی می پردازد که روز به روز بیشتر به بخش پزشکی مربوط می شود. فناوری و کاربردهای WGS در دستور کار سیاسی بین‌المللی قرار دارند، زیرا روش‌های کلاسیک در حال جایگزینی با فناوری WGS هستند و بنابراین ابزارهای بیوانفورماتیک بسیار مهم هستند تا به افراد شاغل در این بخش امکان تجزیه و تحلیل داده‌ها و به دست آوردن نتایج قابل تفسیر را بدهند. و برای اهداف مختلف استفاده می شود. این دوره به زبان آموزان مبنایی برای درک و آشنایی با کاربردهای WGS در نظارت بر باکتری ها از جمله شناسایی گونه ها، تایپ و مشخصه یابی مقاومت ضد میکروبی و صفات حدت و همچنین خصوصیات پلاسمیدها را می دهد. همچنین این فرصت را به زبان آموزان می دهد تا در مورد ابزارهای آنلاین و آنچه می توانند از آنها استفاده کنند، از طریق نمایش هایی در مورد نحوه استفاده از برخی از این ابزارها و تمرین هایی که توسط زبان آموزان با استفاده از ابزارهای تحلیل WGS در دسترس آزادانه حل می شود، بیاموزند. در پایان این دوره شما باید بتوانید: 1. اصول کلی در تایپ باکتری ها را شرح دهید 2. مثال هایی از کاربردهای توالی یابی کل ژنوم در نظارت بر پاتوژن های باکتریایی و مقاومت ضد میکروبی ارائه دهید. 3. از ابزارهای ژنومیک برای تایپ فرعی و نظارت استفاده کنید 4. مفهوم توالی نسل بعدی را تعریف کنید و داده های توالی یابی را از NGS توصیف کنید. 5. نحوه انجام اسمبلی de novo از خواندن خام تا contigs را شرح دهید 6. روش های پشت ابزارهای شناسایی گونه، تایپ MLST و تشخیص ژن مقاومت را برشمارید. 7. ابزارهای شناسایی گونه، تایپ MLST و تشخیص ژن مقاومت را در موارد واقعی سایر ژنوم های باکتریایی و پاتوژن به کار ببرید. 8. روش های پشت ابزارهای تایپ سالمونلا و اشریشیاکلی، تشخیص مشابه پلاسمید و تایپ پلاسمید را شرح دهید. 9. از ابزارهای تایپ سالمونلا و E.coli، تشخیص شبیه سازی پلاسمید و تایپ پلاسمید در موارد واقعی سایر ژنوم های باکتری و پاتوژن استفاده کنید. 10. مفهوم را توضیح دهید و قادر به استفاده از خط لوله تجزیه و تحلیل باکتریایی یکپارچه برای تجزیه و تحلیل دسته ای و تایپ داده های ژنومی باشید. 11. نحوه ساخت درخت فیلوژنتیک بر اساس SNP ها را نشان دهید 12. استفاده از ابزار فیلوژنتیک برای ساخت درختان فیلوژنتیک و توضیح ارتباط سویه های باکتریایی یا بیماری زا 13. نحوه ایجاد پایگاه داده توالی خود را شرح دهید 14. از ابزار MyDbFinder برای شناسایی نشانگرهای ژنتیکی مورد علاقه از توالی یابی کل ژنوم استفاده کنید.