چالش برنامه نویسی مونتاژ ژنوم

در بهار 2011، هزاران نفر در آلمان با یک بیماری کشنده که به عنوان مسمومیت غذایی همراه با اسهال خونی شروع شد و اغلب به نارسایی کلیه منجر شد، در بیمارستان بستری شدند. این آغاز مرگبارترین شیوع در تاریخ اخیر بود که توسط یک سویه باکتریایی مرموز ایجاد شد که ما از آن به عنوان E. coli X یاد خواهیم کرد. در عرض یک هفته دچار اسهال خونی شد. در این مرحله، زیست‌شناسان می‌دانستند که با یک پاتوژن ناشناخته قبلی روبرو هستند و روش‌های سنتی کافی نیستند - زیست‌شناسان محاسباتی برای جمع‌آوری و تجزیه و تحلیل ژنوم پاتوژن تازه پدید آمده مورد نیاز هستند. برای بررسی منشأ تکاملی و پتانسیل بیماری‌زایی سویه شیوع، محققان یک برنامه تحقیقاتی جمع‌سپاری را آغاز کردند. آنها داده های توالی یابی DNA باکتریایی را از یکی از بیماران منتشر کردند که منجر به انبوهی از تجزیه و تحلیل های انجام شده توسط زیست شناسان محاسباتی در چهار قاره شد. آنها حتی از GitHub برای این پروژه استفاده کردند: https://github.com/ehec-outbreak-crowdsourced/BGI-data-analysis/wiki شیوع سال 2011 آلمان نمونه اولیه ای از اپیدمیولوژیست ها بود که با زیست شناسان محاسباتی برای جلوگیری از شیوع همکاری می کردند. در این دوره آنلاین، شما با توسعه برنامه‌ای برای جمع‌آوری ژنوم E.coli X از میلیون‌ها زیررشته ژنوم E.coli X، ردپای بیوانفورماتیک‌هایی را دنبال می‌کنید که شیوع بیماری را بررسی می‌کنند.