دستوراتی را که برای مدیریت و تجزیه و تحلیل دایرکتوری ها، فایل ها و مجموعه های بزرگی از داده های ژنومی نیاز دارید، معرفی می کند. این چهارمین دوره در رشته تخصصی علم داده های بزرگ ژنومی از دانشگاه جان هاپکینز است.

این کلاس مقدمه ای بر زبان برنامه نویسی پایتون و نوت بوک آی پایتون ارائه می دهد. این سومین دوره در رشته تخصصی علم داده های بزرگ ژنومی از دانشگاه جان هاپکینز است.

این دوره دانش و مهارت‌های تخصصی را که توسط متخصصان علوم کلان داده‌های سلامت و بیوانفورماتیک تسلط یافته‌اند را برای شما استخراج می‌کند. حقایق هیجان انگیزی در مورد زیست شناسی و شیمی بدن انسان، ژنتیک و پزشکی خواهید آموخت که با علم داده های بزرگ و مهارت هایی برای مهار بهمن داده هایی که آشکارا در دسترس شماست و ما تازه شروع به درک آن ها کرده ایم، در هم آمیخته می شوند. . ما مراحل مختلف مورد نیاز برای تسلط بر تجزیه و تحلیل کلان داده بر روی مجموعه داده های واقعی، از جمله داده های توالی نسل بعدی، را در زمینه بهداشت و درمان، از آماده سازی داده ها برای تجزیه و تحلیل تا تکمیل تجزیه و تحلیل، تفسیر نتایج، تجسم آنها، و به اشتراک گذاری بررسی خواهیم کرد. نتایج. نیازی به گفتن نیست، هنگامی که بر این مهارت‌های پرتقاضا مسلط شوید، موقعیت خوبی برای درخواست یا انتقال به موقعیت‌هایی در تجزیه و تحلیل داده‌های زیست پزشکی و بیوانفورماتیک خواهید داشت. مهم نیست که سطح مهارت شما در زمینه های زیست پزشکی یا فنی در چه سطحی باشد، مهارت های بسیار ارزشمند جدید یا تیزتری را به دست خواهید آورد که شما را به عنوان یک حرفه ای متمایز می کند و می خواهید حتی عمیق تر در Big Data های زیست پزشکی غواصی کنید. امیدوارم این دوره علاقه شما را به امکانات گسترده ارائه شده توسط Big Data در دسترس عموم برای درک بهتر، پیشگیری و درمان بیماری ها جلب کند.

یاد بگیرید که از ابزارهای پروژه Bioconductor برای انجام تجزیه و تحلیل داده های ژنومی استفاده کنید. این پنجمین دوره در تخصص ژنومیک داده های بزرگ از دانشگاه جان هاپکینز است.

مقاومت ضد میکروبی یک نگرانی فزاینده جهانی است. این دوره بینش منحصر به فرد و جامعی را در مورد چالش های ایجاد شده توسط AMR ارائه می دهد، مکانیسم های آن، پیامدهای بهداشت عمومی و روش های آزمایشگاهی و همچنین ابزارهایی برای شناسایی را بررسی می کند. شرکت کنندگان در مورد چگونگی مقاوم شدن باکتری ها و مکانیسم هایی که منجر به نتیجه مقاومت می شوند، تجربه یادگیری به دست می آورند. به عنوان بخشی از این دوره، شما همچنین روش‌های آزمایش حساسیت ضد میکروبی (AST) و تشخیص مقاومت خاص در آزمایشگاه‌های میکروبیولوژیکی را آموزش خواهید دید. علاوه بر این، شما را از طریق تکنیک‌های مختلف استفاده شده از جمله روش‌های مبتنی بر کشت مانند رقت‌سازی آگار و آزمایش‌های انتشار دیسک که حساسیت باکتری‌ها را به آنتی‌بیوتیک‌ها تعیین می‌کنند، راهنمایی می‌کند. روش‌های مولکولی مانند واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) و توالی‌یابی کل ژنوم نیز به تفصیل شرح داده شده‌اند تا شما را به درک اولیه مجهز کنند. این روش‌ها بینش‌های ارزشمندی در مورد شیوع و مکانیسم‌های AMR ارائه می‌کنند و به توسعه استراتژی‌های درمانی مؤثر و برنامه‌های نظارتی کمک می‌کنند. در نسخه جدید ما یک ماژول اضافی شامل تشخیص مکانیسم های مقاومت خاص گنجانده شده است.

هنگامی که ژنوم ها را در دوره قبلی توالی یابی کردیم، می خواهیم آنها را با هم مقایسه کنیم تا مشخص کنیم گونه ها چگونه تکامل یافته اند و چه چیزی آنها را متفاوت می کند. در نیمه اول دوره، ما دو توالی کوتاه بیولوژیکی مانند ژن ها (یعنی توالی های کوتاه DNA) یا پروتئین ها را با هم مقایسه خواهیم کرد. ما با یک ابزار الگوریتمی قدرتمند به نام برنامه نویسی پویا روبرو خواهیم شد که به ما کمک می کند تعداد جهش هایی را که این دو ژن/پروتئین را از هم جدا کرده اند را تعیین کنیم. در نیمه دوم دوره، ما برای مقایسه کل ژنوم‌ها «کوچک‌نمایی» می‌کنیم، جایی که شاهد جهش‌هایی در مقیاس بزرگ به نام بازآرایی ژنوم هستیم، رویدادهای لرزه‌ای که در طول میلیون‌ها سال تکامل در اطراف بلوک‌های بزرگ DNA رخنه کرده‌اند. با نگاهی به ژنوم انسان و موش، از خود خواهیم پرسید: همانطور که احتمال وقوع زمین لرزه در امتداد خطوط گسل بسیار بیشتر است، آیا مکان هایی در ژنوم ما وجود دارد که "شکننده" و بیشتر مستعد شکسته شدن به عنوان بخشی از بازآرایی ژنوم هستند؟ خواهیم دید که چگونه الگوریتم های ترکیبی به ما در پاسخ به این سوال کمک می کنند. در نهایت، شما یاد خواهید گرفت که چگونه از ابزارهای نرم افزاری محبوب بیوانفورماتیک برای حل مسائل در تراز توالی، از جمله BLAST استفاده کنید.

این دوره شما را با زیست شناسی پایه ژنومیک مدرن و ابزارهای تجربی که برای اندازه گیری آن استفاده می کنیم آشنا می کند. ما دگم مرکزی زیست شناسی مولکولی را معرفی خواهیم کرد و نحوه استفاده از توالی یابی نسل بعدی برای اندازه گیری DNA، RNA و الگوهای اپی ژنتیک را پوشش خواهیم داد. همچنین مقدمه ای بر مفاهیم کلیدی در محاسبات و علم داده دریافت خواهید کرد که برای درک نحوه تولید و تجزیه و تحلیل داده های آزمایش های توالی یابی نسل بعدی به آن نیاز دارید. این اولین دوره در تخصص علوم داده های ژنومی است.

این دوره یک نمای کلی و عمدتاً عملی از مهارت های اساسی برای بیوانفورماتیک (و به طور کلی، تجزیه و تحلیل داده ها) ارائه می دهد. هدف حمایت از توسعه همزمان مهارت های کمی و برنامه نویسی برای دانشجویان بیولوژیکی و زیست پزشکی با پیشینه کم یا بدون پیشینه در برنامه نویسی یا تجزیه و تحلیل کمی است. در طول دوره، دانش آموز مهارت های عملی لازم را برای انجام تجزیه و تحلیل داده های اولیه ایجاد می کند. مهم‌تر از همه، شرکت‌کنندگان مهارت‌های بلندمدت در برنامه‌نویسی (و تجزیه و تحلیل داده‌ها) و دستورالعمل‌هایی برای بهبود دانش خود در مورد آن را خواهند آموخت. این دوره شامل برنامه نویسی در R، برنامه نویسی در پایتون، سرور یونیکس و بررسی مفاهیم اولیه آمار خواهد بود.

در این دوره، شما با حاشیه نویسی ژنوم SARS-CoV-2 و استفاده از حاشیه نویسی برای طراحی یک تست تشخیصی COVID-19، ردپای بیوانفورماتیکان را دنبال می کنید که شیوع COVID-19 را بررسی می کنند. چه در دنیای زیست شناسی محاسباتی تازه کار باشید، چه یک متخصص بیوانفورماتیک هستید که به دنبال کسب اطلاعات در مورد کاربردهای آن در همه گیری COVID-19 هستید، یا جایی در این بین، این دوره برای شما مناسب است! با گذراندن این سفر، مفاهیم ژنومی را معرفی و توضیح خواهیم داد و فرصت های زیادی برای تمرین مهارت های خود در اختیار شما قرار می دهیم و مجموعه ای از مشکلات را با پیچیدگی تدریجی افزایش می دهیم. این دوره دوم فقط در مورد حاشیه‌نویسی ژنوم SARS-CoV-2 بحث می‌کند، اما دوره‌های آینده در این مجموعه، تجزیه و تحلیل‌های بیوانفورماتیک بعدی مورد استفاده در همه‌گیری COVID-19 را بررسی خواهند کرد.

در این دوره، شما با بررسی منشأ SARS-CoV-2، ردپای بیوانفورماتیک‌هایی را دنبال می‌کنید که شیوع COVID-19 را بررسی می‌کنند. چه در دنیای زیست شناسی محاسباتی تازه کار باشید، چه یک متخصص بیوانفورماتیک هستید که به دنبال کسب اطلاعات در مورد کاربردهای آن در همه گیری COVID-19 هستید، یا جایی در این بین، این دوره برای شما مناسب است! با گذراندن این سفر، مفاهیم ژنومی را معرفی و توضیح خواهیم داد و فرصت های زیادی برای تمرین مهارت های خود در اختیار شما قرار می دهیم و مجموعه ای از مشکلات را با پیچیدگی تدریجی افزایش می دهیم. این دوره سوم فقط در مورد هم ترازی چند توالی و استنتاج فیلوژنتیک با حداکثر احتمال ژنوم SARS-CoV-2 بحث می کند، اما دوره های آینده در این مجموعه، تجزیه و تحلیل های بیوانفورماتیک بعدی مورد استفاده در همه گیری COVID-19 را بررسی می کند.

در این دوره، شما با جمع آوری ژنوم SARS-CoV-2، ردپای بیوانفورماتیکان هایی را دنبال می کنید که شیوع COVID-19 را بررسی می کنند. چه در دنیای زیست شناسی محاسباتی تازه کار باشید، چه یک متخصص بیوانفورماتیک هستید که به دنبال کسب اطلاعات در مورد کاربردهای آن در همه گیری COVID-19 هستید، یا جایی در این بین، این دوره برای شما مناسب است! با گذراندن این سفر، مفاهیم ژنومی را معرفی و توضیح خواهیم داد و فرصت های زیادی برای تمرین مهارت های خود در اختیار شما قرار می دهیم و مجموعه ای از مشکلات را با پیچیدگی تدریجی افزایش می دهیم. این اولین دوره فقط در مورد مونتاژ ژنوم SARS-CoV-2 بحث می کند، اما دوره های آینده در این مجموعه، تجزیه و تحلیل های بیوانفورماتیک بعدی مورد استفاده در همه گیری COVID-19 را بررسی می کند.

توسط Class Central به 50 MOOC برتر تمام دوران معرفی شد! این دوره مجموعه ای از کلاس ها را آغاز می کند که قدرت محاسبات در زیست شناسی مدرن را نشان می دهد. لطفاً در مرز بیوانفورماتیک به ما بپیوندید تا پیام‌های پنهان در DNA را بدون نیاز به پوشیدن پوشش آزمایشگاهی جستجو کنید. در نیمه اول دوره، همانندسازی DNA را بررسی می کنیم و این سوال را مطرح می کنیم که همانندسازی DNA از کجا در ژنوم شروع می شود؟ خواهیم دید که می‌توانیم به این سؤال برای بسیاری از باکتری‌ها فقط با استفاده از برخی الگوریتم‌های ساده برای جستجوی پیام‌های پنهان در ژنوم پاسخ دهیم. در نیمه دوم دوره، یک سوال بیولوژیکی متفاوت را بررسی می‌کنیم، وقتی می‌پرسیم کدام الگوهای DNA نقش ساعت‌های مولکولی را بازی می‌کنند. سلول های بدن شما می توانند ریتم شبانه روزی خود را حفظ کنند، اما چگونه این امر در سطح DNA به دست می آید؟ یک بار دیگر، خواهیم دید که با دانستن اینکه کدام پیام های پنهان را باید جستجو کنیم، می توانیم زبان پیچیده شگفت انگیز DNA را درک کنیم. شاید با کمال تعجب، الگوریتم‌های تصادفی‌سازی شده را اعمال کنیم که تاس می‌ریزند و سکه‌ها را برای حل مسائل برمی‌گردانند. در نهایت، دستان خود را کثیف می‌کنید و ابزارهای نرم‌افزاری موجود را برای یافتن نقوش بیولوژیکی مکرر در ژن‌هایی که مسئول کمک به مایکوباکتریوم توبرکلوزیس هستند تا سال‌ها قبل از ایجاد عفونت فعال در یک میزبان «خفته» در یک میزبان استفاده کنید.